Na modo história de Marvel Nemesis: Rise of the Imperfects, existem certas personagens que podes controlar e que não estão disponíveis no modo versus. Para desbloquear essas personagens, precisas de completar os três níveis necessários, sendo o último uma batalha contra um boss. Alguns desses combates desbloqueiam dois personagens de uma vez.
| Brigade | Derrota Brigade na terceira missão do Iron Man |
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Daredevil | Derrota Johnny Ohm na terceira missão do Daredevil |
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Fault Zone | Derrota Fault Zone na terceira missão do Storm |
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Hazmat | Derrota Hazmat na terceira missão do Magneto |
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Tocha Humana | Derrota Altered Thing na terceira missão do Human Torch |
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