En el modo historia de Marvel Nemesis: Rise of the Imperfects, hay ciertos personajes que puedes controlar que no están disponibles en el modo versus. Para desbloquear a estos personajes, debes completar los tres niveles requeridos, siendo el último una batalla contra un jefe. Algunas de estas batallas desbloquean dos personajes a la vez.
| Brigade | Vence a Brigade en la tercera misión de Iron Man |
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Daredevil | Vence a Johnny Ohm en la tercera misión de Daredevil |
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Fault Zone | Vence a Fault Zone en la tercera misión de Storm |
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Hazmat | Vence a Hazmat en la tercera misión de Magneto |
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Human Torch | Vence a Altered Thing en la tercera misión de Human Torch |
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