In de story mode zijn er bepaalde tekens die je kunt bedienen die niet beschikbaar zijn in versus mode. Om deze karakters te openen moet je klaar zijn met de drie vereiste levels, waarvan de laatste een boss gevecht is. Sommige van deze gevechten openen twee personages tegelijk.
Brigade | Versla Brigade in de derde Iron Man missie |
Daredevil | Versla Johnny Ohm in de derde missie van Daredevil |
Fault Zone | Versla Fault Zone in de derde Storm missie |
Hazmat | Versla Hazmat in derde missie Magneto |
Human Torch | Versla Altered Thing in de derde Human Torch missie |
|